Các trường đại học Nhật Bản ở Tokyo có trường đại học quốc lập, trường đại học công lập và trường đại học tư lập. Những trường này có chất lượng đào tạo như nhau. Hầu như không có sự khác nhau qúa lớn về chất lượng giảng dạy ở các trường này.
Tuy nhiên, hầu hết sinh viên đều không đăng ký vào các trường đại học công lập ở Tokyo. Lý giải cho điều này là bởi vì học phí của những trường này thường cao hơn. Dù đã có những mức học bổng khác nhau nhưng so với các trường quốc lập hay tư lập khác thì phí nhập học, học phí hay cơ sở vật chất của nó đều cao hơn.
Tuy nhiên, hầu hết sinh viên đều không đăng ký vào các trường đại học công lập ở Tokyo. Lý giải cho điều này là bởi vì học phí của những trường này thường cao hơn. Dù đã có những mức học bổng khác nhau nhưng so với các trường quốc lập hay tư lập khác thì phí nhập học, học phí hay cơ sở vật chất của nó đều cao hơn.